La cause est connue, trop d'élevages :
- 60 % des porcs,
- 55 % des volailles
- 28 % des vaches laitières de France
sur une trop petite surface. Les terres sont saturées de déjections animales, utilisées pour les fertiliser, et gorgées d'engrais chimiques. Les nitrates excédentaires se retrouvent dans les rivières. La concentration moyenne dans les rivières bretonnes était de 5 milligrammes par litre en 1971. Elle a atteint le taux record de 38 mg/l en 1998. Au moins une quinzaine de captages d'eau potable dont les taux dépassaient 50 mg/l par litre ont été fermés.
Depuis 15 ans, beaucoup a été tenté pour lutter contre la pollution, essentiellement sous l'impulsion de directives européennes. Des plafonds ont été fixés pour limiter la quantité d'engrais épandue. Plus de 450 stations de traitement du lisier ont été construites dans les gros élevages. Les exploitations ont été équipées de cuves qui permettent de stocker les déjections, donc, en théorie, de fertiliser au bon moment. De nombreux programmes de sensibilisation aux "bonnes pratiques agricoles" ont été menés.
Au total, quelque 700 millions d'euros ont été investis par l'Etat et les collectivités locales depuis 1995 - et 240 autres sont prévus d'ici 2013. Un milliard d'euros a été investi par les agriculteurs dans leurs exploitations.
Pour quel résultat ? La concentration moyenne en nitrates a baissé, mais elle stagne depuis le début des années 2000 autour de 30 mg/l.
L'agriculture, mais aussi toute la filière agroalimentaire, représente un poids économique considérable en Bretagne, estimé à 40 % du chiffre d'affaires régional.